Sigurno najvredniji biser u nizu prirodnog blaga nacionalnog parka Sutjeska je strogo zaštićeni rezervat Perućica, jedna od retkih sačuvanih prašuma Evrope. Još davne 1938. godine, šumari taksatori prilikom izrade uređajnog elaborata na planini Maglić, pronalaze u slivu rečice Perićice, u uvali između Maglića, Volujaka i Sniježnice, prekrasne vrste bukve, jele i smrče čija je drvna masa prelazila 1000 m3 po hektaru, a visina pojedinih stabala dostizala preko 50 m.

Šumske vrste Perućice nisu imale premca u Dinaridima, ne samo po drvnoj masi i visini, već i po sastavu, izgledu i lepoti. Sve je to bio razlog da Vlada SR BiH 1952. godine izdvoji područje Perućice sa površinom od 1234 ha "iz redovnog šumarskog gazdovanja , kao šumarski objekat potreban naučnim istraživanjima i nastavi", a 1954. godine, to područje, uvećano za još 200 ha, stavlja se pod zaštitu države kao prirodni rezervat.

Pogled sa Vidikovca (Dragoš Sedlo) na Perućicu i vodopad Skakavac, koji se u srcu prašume stropoštava sa visine od preko 70 m, ispunjava čoveka zadovoljstvom što je taj mali deo iskonske prirode, sa bogatim multifunkcionalnim biodiverzitetom, sačuvan za sadašnje i buduće generacije.

Očuvanje i zaštita Perućice u izvornom stanju je jedan od glavnih zadataka Nacionalnog parka Sutjeska. U rezervatu je sve prepušteno prirodi. Rađanje, život, umiranje i ponovno rađanje, taj večiti životni ciklus, odvija se bez intervencije čoveka. Na ostacima prirodno umrlih stabala buja novi život. Perućica predstavlja, danas tako retku, prirodnu laboratoriju sa velikim značenjem za mnoge naučne discipline, za edukaciju, kao i za jednostavno uživanje u čistoj i nedirnutoj prirodi.

Živi svet Perućice izražen kroz vegetaciju (fitocenoze i biljne zajednice, ekosisteme, floru, faunu i drugo) je veoma raznovrstan i bogat. Perućica je zbog svog južnog položaja u Evropi (submediteransko-mediteransko područje), bila za vreme ledenog doba veoma značajan refugijalni prostor koji je omogućio da se mnoge termofilne vrste evropskog severa i njenog središta sačuvaju na ovom području. Ledeno doba je zahvatilo područje Perućice pa su njeni vršni delovi bili prekriveni lednicima, o čemu svedoče ostaci glacijalnih perioda (lednički cirkovi i korita, morene raznovrsnog karaktera, glacijalni obluci, i dr.). Niži delovi Perućice ostali su bar delimično, bez ledničkog pokrivača, što je omogućilo razvijanje refugijalne flore i vegetacije (Ostrya carpinifolia i njene zajednice i druge).
(Iz prezentacije "Perućica-zemlja magije").

U okviru ovog strogog prirodnog rezervata, zaštićena su, pored šumskih vrsta bukve, jele i smrče, još i vrste subalpske bukve, čiste ili sa planinskim javorom; subalpske smrče, te vegetacija bora krivulja, ili tzv. klekovina bora i planinska travnjačka vegetacija. U Perućici, kao i u drugi delovima parka, nalazi se zaista, pravo bogatstvo i raznovrsnost biljnog sveta, te niz endemskih i rijetkih vrsta. O bogatstvu biljnog svijeta Perućice može da posvijedoči i to da je registrovano preko 170 vrsta drveća i grmlja i preko 1000 vrsta zeljastog bilja. Istraživanja zastupljenosti vrsta mahovina i lišajeva tek su započela.
Stoga su ovi predeli već dugo pravi magnet za naučnike i istraživače iz raznih naučno-istraživačkih disciplina.

Prolazak kroz Perućicu je dozvoljen samo uz prethodnu najavu i pratnju vodiča iz Nacionalnog parka Sutjeska.