Manastir i selo danas se nazivaju Lešje, dok je srednjovekovni oblik naziva, koji se spominje u pisanim izvorima, Leštije, što znači mesto na kome obiluju leske. Meštani, međutim, spominju i jedno predanje, da je manastir, ne zna se tačno kada, dobio ime po leševima tu postradalih mučenika.

Pisani istorijski izvori o manastiru svedoče da je župan Vukoslav , na svojoj baštini u pustoši Petrus između 1355. i 1360. god. kao svoju zadužbinu, podigao Bogorodičinu crkvu. Zajedno sa sinovima Držmanom i Crepom poklonio je crkvu i deo baštinskog poseda manastiru Hilandaru 15. oktobra 1360. godine. Vlastelinstvo, sa crkvom Bogorodice petruške, dovedeno je, međutim, nebrigom Hilandaraca do „poslednjeg zapustenija“, zbog čega su Crep i „starac Dionisije“ (Držmanovo monaško ime), obrativši se caru Urošu, zatražili i povratili svoju baštinu. Posle smrti starca Dionisija (između 1375. i 1379/80.), koji je nesumnjivo uspešno upravljao manastirom sa brojnom obitelji, Hilandarci su zatražili svoj bivši posed. Ishod je bio da je patrijarh Jefrem presudio u Crepovu korist, što je potvrdio i Jefremov naslednik, patrijarh Spiridon, a konačno i sam knez Lazar.

U metežu posle kosovskog sloma države, izgleda da je Hilandar nekako ponovo ušao u posed manastira „Leštija“. Crepov sin Venedikt vodio je novu parnicu, koju je, sa savetom patrijarha i sabora mitropolita, igumana i vlastele, despot Stefan 1411. godine presudio u njegovu korist.

Venedikt je veoma dugo bio iguman Lešjanski. Godine 1452. spominje se da je despot Đurađ Branković „igumana Leštijanskog kir Venedikta“, kao naročito uglednu i poverljivu ličnost, odredio kao člana poslanstva koja je išla da od sultana moli dozvolu za prenos moštiju svetog apostola i jevanđelista Luke u Srbiju. Venedikt je početkom 1453. i dopratio mošti iz Rogosa u Smederevo. Sačuvan je opis ovog događaja koji svedoči da su mošti na najsvečaniji način nekoliko nedelja nošene kroz Despotovinu. Nije isključeno da su mošti tom prilikom, makar kraće vreme, boravile i u Lešju.

U vreme Venedikta Crepovića Bogorodičin manastir u „Leštiju“ bio je duhovni i kulturni centar, u živoj vezi sa Svetom Gorom. Poznato je da je Venedikt 1426. godine boravio na Svetoj Gori, i tada je za njega jedan Šestodnev Svetog Jovana Zlatousta prevodi monah Jakov, a drugi s grčkog prevodi on sam „u slavu Božiju i Prečistije Matere Božije Leštijanskije“. Lešje je Venedikt napustio kada je postao gračanički i novobrdski mitropolit. Posle pada Novog Brda dobio je 1456. god. od despota Đurđa Brankovića na doživotnu upravu manastir Vraćevšnicu, a nakon pada Smedereva 1459. povukao se na Svetu Goru u manastir Svetog Pavla gde se upokojio i gde je i sahranjen.

Istorijski izvori svedoče da je Crep imao i ćerku, monahinju Anisiju. O njoj se zna veoma malo. Kao i za njenog brata Venedikta, poznato nam je samo njeno monaško ime, kao i to da se upokojila 1426/27. godine. U breviji manastira Velike Lavre na Svetoj Gori, spominje se monahinja Anisuja „ćerka blaženog Cerpa koja se podvizavala u Srbiji u zajednici svojoj“. Mi odavde ne možemo da saznamo da li je ona živela u Lešju, gde joj je brat bio iguman ili je kao monahinja boravila u nekom drugom, ženskom manastiru u Srbiji.

U srednjovekovnim izvorima u vezi s manastirom, spominje se pojmovi pustoš Petrus i pustinja leštijanska .

Ranije se smatralo da je ovaj kraj u srednjem veku nazvan pustinjom jer je, navodno, po predanju „do skoro“ bio sav u pesku. Međutim, uočeno je da, iako u Srbiji postoji veći broj kamenitih, vrletnih i nenaseljenih predela, ni jedan ne nosi naziv pustinje, osim onih gde je potvrđeno da su bili nastanjeni pustinožitelji. Ovo treba shvatiti da je naziv „lešjanska pustinja“ korišćen zbog monaha pustinjaka koji su tu krajem XIV i u XV veku, a možda i ranije, obitavali. Monasi pustinjaci povlačili su se u isposnice u okolini, a u manastir su dolazili određenim danima na Svete Liturgije.

Iz natpisa u jednom panegiriku saznajemo da je „u pustinji leštijanskoj“ po želji despota Stefana Lazarevića pisao jeromonah Jovan. On je spadao u monahe Sinaite. Poznato je da su se monasi sinaitskog tipa, zbog svog usamljeničkog načina života često intenzivno bavili pisanjem i prepisivanjem knjiga. Tako je i u Lešju postojala skriptorija gde se verovatno odvijala vrlo živa prepisivačka aktivnost, kao i u mnogim drugim manastirima u Srbiji u vreme despota Stefana Lazarevića. Napustivši Lešje „kir Jovan“ je prešao u manastir poznat pod imenom Stjenik, gde je nastavio svoj strogi monaški podvig živeći u pećini. Inače, njega je odmah nakon mučeničke smrti 1462. narod počeo da poštuje kao svetog prepodobnomučenika. Čudotvorne mošti Svetog Jovana Lešjanskog i Stjeničkog nalaze se u manastirskoj crkvi u Stjeniku, pomažući do danas svima koji im sa verom i molitvom pritiču.

Manastir Lešje se, izgleda, poslednji put spominje u turskim popisu iz 1536. godine, a već u narednom turskom popisu, obavljenom oko 1570. godine se ne spominje, na osnovu čega se može zaključiti da je do tada već zapusteo. Narodno predanje govori da su poslednji lešjanski kaluđeri, zajedno sa hrišćanima okupljenim oko manastira, mučenički postradali pobijeni od Turaka, koji su nakon tog pokolja i razorili manastir.

Arheološka istraživanja na arhitekturi crkve, kao i na o srednjovekovnoj nekropoli oko nje, pouzdanu su potvrdila da je reč o kultnom mestu sa tragovima života još od XII veka. Proučavanja arhitekture Lešja pokazala su da se ispod temelja crkve trikonhosne osnove nalaze stariji temelji .

Mada nije sasvim pouzdano potvrđeno iz kog perioda potiču materijalni ostaci crkava i Lešju, činjenica su da je svetinja u Lešju veoma stara. Nesumnjivo je na istom mestu postoje materijalni tragovi više od jedne crkve koje potiču iz srednjeg veka, čime se i ovde potvrđuje rasprostranjena težnja da se ispoštuje kontinuitet zatečenog kultnog mesta time što se crkve podižu na ostacima starijih hramova.

Temelje (do visine 0,5 m) Bogorodičine crkve trikonhosne tj. trolisne osnove otkopao je, prema jednom čudesnom viđenju, 1923. godine seljak Živan Marković (1880-1972.) iz Lešja, sa pomoćnicima. Na temelju stare crkve, u oltarskom delu, Živan tada podiže crkvicu vrlo skromnih dimenzija, „na tri direka“, građenu kamenom i pokrivenu limom.

Manastirska crkva danas je posvećena prazniku Pokrova. Izvori ne spominju kom prazniku Presvete Bogorodice je hram bio posvećen u srednjem veku, već samo govore o „Bogorodici Petruškoj“, odnosno „Bogorodici Leštijanskoj“.

Praznik Pokrova Presvete Bogorodice (1./14. oktobra) ustanovljen je u spomen događaja koji se početkom X stoleća desio u Vlahernskoj crkvi u Carigradu. Za vreme bdenija, u četvrti čas noći, videli su Sveti Andrej Jurodivi i njegov učenik Epifanije, Presvetu Bogorodicu u pratnji mnoštva svetitelja, među kojima behu Sveti Jovan Preteča i Sveti Jovan Bogoslov: Majka Božija se preklonivši kolena dugo molila za narod koji je tu stajao, zalivajući suzama svoje bogoliko i prečisto lice... Kada je svršila molitvu, svoj omofor (maforion-velika marama), koji je nosila na svojoj prečistoj glavi, blistav kao munja, veliki i strašan, raširila je svojim prečistim rukama iznad naroda koji je tamo stajao, a Sveti Andrej i Epifanije ga dosta dugo gledahu prostrt iznad naroda i kako sija kao munja... Zanimljivo je da je ovaj praznik počeo da se slavi ne u Vizantijskoj crkvi, gde se događaj desio, već u Ruskoj crkvi i to u XII veku (veruje se da je praznik uveo Andrej Bogoljubski).